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深圳研究生院吳云東院士課題組在環(huán)狀多肽的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)上取得重要進(jìn)展

時(shí)間:2016-05-12 19:42  作者:  來(lái)源:深圳研究生院

  北京大學(xué)深圳研究生院吳云東院士課題組最近在J.Chem.Phys.Lett.(《物理化學(xué)通訊》)上發(fā)表了最新成果:使用殘基特異性力場(chǎng)進(jìn)行環(huán)狀多肽的準(zhǔn)確結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)及構(gòu)象分析(Accurate Structure Prediction and Conformational Analysis of Cyclic Peptides with Residue-Specific Force Fields)。

  多肽類(lèi)藥物介于小分子和蛋白質(zhì)之間,同時(shí)具有兩者的一些優(yōu)勢(shì),近年來(lái)越來(lái)越受到廣泛關(guān)注。與線性肽相比,環(huán)狀多肽有構(gòu)象相對(duì)剛性、代謝穩(wěn)定性好、易 穿過(guò)生物膜等獨(dú)特的優(yōu)勢(shì),并且很多天然活性物質(zhì)都是環(huán)狀多肽。環(huán)狀多肽的活性依賴(lài)于其三維結(jié)構(gòu),如果能通過(guò)序列準(zhǔn)確地(接近實(shí)驗(yàn)精度)預(yù)測(cè)其結(jié)構(gòu),就可以 為該領(lǐng)域的研究提供很大程度上的幫助。


  該項(xiàng)工作使用吳云東課題組發(fā)展的RSFF2力場(chǎng),可以準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)出20個(gè)環(huán)肽中的17個(gè),與晶體結(jié)構(gòu)的均方偏差(RMSD)小于1.1?。新方法的準(zhǔn)確度明顯高于之前的方法。另外,他們還發(fā)現(xiàn)相對(duì)于線性多肽,環(huán)狀多肽的構(gòu)象取樣與球蛋白更相似,為環(huán)狀多肽在藥物設(shè)計(jì)中作為蛋白分子的替代物提供了理論上的支持。

  該論文第一作者為深圳研究生院化學(xué)生物學(xué)與生物技術(shù)學(xué)院博士研究生耿浩,蔣帆博士為共同通訊作者。

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