深圳研究生院吳云東院士課題組在環(huán)狀多肽的結構預測上取得重要進展

時間：2016-05-12 19:42  作者：  來源：深圳研究生院

　　北京大學深圳研究生院吳云東院士課題組最近在J.Chem.Phys.Lett.（《物理化學通訊》）上發(fā)表了最新成果：使用殘基特異性力場進行環(huán)狀多肽的準確結構預測及構象分析（Accurate Structure Prediction and Conformational Analysis of Cyclic Peptides with Residue-Specific Force Fields）。

　　多肽類藥物介于小分子和蛋白質之間，同時具有兩者的一些優(yōu)勢，近年來越來越受到廣泛關注。與線性肽相比，環(huán)狀多肽有構象相對剛性、代謝穩(wěn)定性好、易 穿過生物膜等獨特的優(yōu)勢，并且很多天然活性物質都是環(huán)狀多肽。環(huán)狀多肽的活性依賴于其三維結構，如果能通過序列準確地（接近實驗精度）預測其結構，就可以 為該領域的研究提供很大程度上的幫助。

　　該項工作使用吳云東課題組發(fā)展的RSFF2力場，可以準確地預測出20個環(huán)肽中的17個，與晶體結構的均方偏差（RMSD）小于1.1?。新方法的準確度明顯高于之前的方法。另外，他們還發(fā)現(xiàn)相對于線性多肽，環(huán)狀多肽的構象取樣與球蛋白更相似，為環(huán)狀多肽在藥物設計中作為蛋白分子的替代物提供了理論上的支持。

　　該論文第一作者為深圳研究生院化學生物學與生物技術學院博士研究生耿浩，蔣帆博士為共同通訊作者。